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《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）文规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。
而《企业会计准则第16号——政府补助》规定，对于与资产相关的政府补助要按资产实际受益年限分期计入当期损益，税法与会计处理不同就会产生可抵扣性时间差异，对于政府补助的时间性差异，每个财务人员基本都能正确处理。
2009年6月1日，财政部发布了《关于印发企业会计准则解释第3号的通知》（财会[2009]8号）对搬迁补偿支出的会计处理又进行了进一步明确规定，企业因城镇整体规划、库区建设、棚户区改造、沉陷区治理等公共利益进行搬迁，收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理。其中，属于对企业在搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失，有关费用性支出、停工损失及搬迁后拟新建资产进行补偿的，应自专项应付款转入递延收益，并按照《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理。企业取得的搬迁补偿款扣除转入递延收益的金额后如有结余的，应当作为资本公积处理。
《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号）文规定，企业从规划搬迁次年起的五年内，其取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁的，企业搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。从该文可知，对于企业收到的政府搬迁补助，企业虽然按会计准则分期计入当期损益，但是在税务处理上，只有在搬迁结束后，才会计算搬迁补偿款与搬迁支出的净额缴纳企业所得税，企业财务人员在年度所得税汇算清缴时应把按会计准则分期计入当期损益的搬迁补助从当期应纳税所得额中扣减，即确认搬迁补偿款的永久性差异，这同其他政府补助有着根本性区别。
例如：某上市公司2009年12月31日收到政府搬迁补偿款6000万元，该公司计划在3年内完成厂房和设备的搬迁，2010年发生1000万元费用性支出，8月20日购入价值2400万元设备，并在10月份安装完成，2011年9月30日购入价值1800万元设备，并在11月份安装完成（企业所得税率为25%，设备使用年限为10年，无残值），2011年该公司搬迁全部结束，则相关会计处理如下：
2009年收到政府搬迁补偿款的会计处理：
借：银行存款 60 000 000
贷：专项应付款 60 000 000
2010年会计处理：
借：专项应付款 34 000 000
贷：递延收益 34 000 000
对于本年搬迁补偿款形成费用性支出，应把费用性支出所对应的递延收益结转到当年损益。
借：递延收益 10 000 000
贷：营业外收入 10 000 000
对于本年搬迁补偿款形成资产性支出，应把资产性支出所对应的递延收益在相关资产使用寿命内平均分配，分期计入当期损益。
借：递延收益 400000（2400／10／12×2）
贷：营业外收入 400000
企业在年度所得税汇算清缴时应对搬迁补偿款产生的递延收益所结转的营业外收入不计入当年应纳税所得额（以下相同）。
2011年会计处理：
借：专项应付款 18000000
贷：递延收益 18000000
借：递延收益 2550000（1800／10／12×1＋2400／10）
贷：营业外收入 2550000
本年搬迁补偿款结余数为6000－1000－2400－1800＝800（万元）
借：专项应付款 8 000 000
贷：资本公积 8 000 000
确认搬迁补偿款结余数应缴纳的企业所得税：
借：所得税——当期所得税 2 000 000
贷：应交税费——应交企业所得税 2 000 000
另外，国税函[2009]118号文规定，企业利用政策性搬迁或处置收人购置或改良的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除，这项文件同财税[2009]87号）是有根本性区别。财税[2009]87号）强调企业的不征税收入用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除，因此，企业财务人员在实际工作中要把握两者的区别。
企业拆迁通常包括政策搬迁和商业性拆迁两种形式。企业政策性搬迁收入，是指因当地政府城市规划、基础设施建设等原因，搬迁企业按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入，以及搬迁企业通过市场（招标、拍卖、挂牌等形式）取得的土地转让收入。这种情况下被搬迁企业通常并非出于自愿，搬迁补偿款主要是补偿企业因搬迁而造成的损失以及重新购置机器设备、土地使用权、新建厂房等支出以及安置职工之用。对于政策性搬迁，财务及会计方面，《财政部关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》（财企[2005]123号）规定： （1）企业收到政府拨给的搬迁补偿款，作为专项应付款核算。搬迁补偿款存款利息，一并转增专项应付款。 （2）企业在搬迁和重建过程中发生的损失或费用，区分以下情况进行处理：①因搬迁出售、报废或毁损的固定资产，作为固定资产清理业务核算，其净损失核销专项应付款；②机器设备因拆卸、运输、重新安装、调试等原因发生的费用，直接核销专项应付款；③企业因搬迁而灭失的、原已作为资产单独入账的土地使用权，直接核销专项应付款；④用于安置职工的费用支出，直接核销专项应付款。 （3）企业搬迁结束后，专项应付款如有余额，作调增资本公积金处理，由此增加的资本公积金由全体股东共享；专项应付款如有不足，应计入当期损益。企业收到的政府拨给的搬迁补偿款的总额及搬迁结束后计入资本公积金或当期损益的金额应当单独披露。税务方面，《财政部、国家税务总局关于企业政策性搬迁收入有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2007]61号）规定： （1）对企业取得的政策性搬迁收入，应按以下方式进行企业所得税处理：①搬迁企业根据搬迁规则，用企业搬迁收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途的固定资产和土地（以下简称重置固定资产），以及进行技术改造或安置职工的，准予搬迁企业的搬迁收入扣除重置固定资产、技术改造和安置职工费用，其余额计入应纳税所得额。②企业因转换生产经营方向等原因，没有用上述搬迁收入进行重置固定资产或技术改造，而将搬迁收入用于购置其他固定资产或进行其他技术改造项目的，可在企业政策性搬迁收入中将相关成本扣除，其余额计入应纳税所得额。③搬迁企业没有重置固定资产、技术改造或购置其他固定资产的计划或立项报告，应将搬迁收入加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用后的余额计入当年应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。④搬迁企业利用政策性搬迁收入购置的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或推销，并在企业所得税税前扣除。⑤搬迁企业从规划搬迁第二年起的五年内，其取得的搬迁收入暂不计入当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁的，搬迁收入按上述规定扣除相关成本费用后，其余额并入搬迁企业当年应纳税所得额，缴纳企业所得税。 （2）对于符合西部大开发、高新技术企业等企业所得税优惠政策的搬迁企业，其取得的搬迁收入，在审核企业享受税收优惠政策有关主营业务收入占总收入比例的条件时，不计入企业的总收入。 （3）本通知印发之前已做税务处理的，不再调整；尚未进行税务处理的，按照本通知的规定执行。如果是商业性拆迁，即基于双方自愿的拆迁，补偿款实质上是被拆迁企业处置固定资产及转让不动产等的收入，按税法规定应该对转让收入计征营业税、土地增值税和企业所得税等。企业只能按清理固定资产、转让无形资产（土地使用权）等进行账务处理。所发生的损失在税务方面应该按照《企业财产损失所得税前扣除管理办法
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