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多聚酶链式反应的原理类似于DNA的天然复制过程。在待扩增的DNA片段两侧和与其两侧互补的两个寡核苷酸引物，经变性、退火和延伸若干个循环后，DNA扩增2n倍。
1．变性：加热使模板DNA在高温下（94℃）变性，双链间的氢键断裂而形成两条单链，即变性阶段。
2．退火：使溶液温度降至50－60℃，模板DNA与引物按碱基配对原则互补结合，即退火阶段。
3．延伸：溶液反应温度升至72℃，耐热DNA聚合酶以单链DNA为模板，在引物的引导下，利用反应混合物中的4种脱氧核苷三磷酸（dNTP），按5’→3’方向复制出互补DNA，即引物的延伸阶段。
上述3步为一个循环，即高温变性、低温退火、中温延伸3个阶段。从理论上讲，每经过一个循环，样本中的DNA量应该增加一倍，新形成的链又可成为新一轮循环的模板，经过25-30个循环后DNA可扩增106-109倍。典型的PCR反应体系由如下组分组成：DNA模板、反应缓冲液、dNTP、两个合成的DNA引物、耐热Tag聚合酶。 1.PCR热循环仪 2.移液器（0.1-2.5μL）3.PCR板
实验试剂
1．10×缓冲液：500mmol/LKCI、100mmol/LTriS·HCI(pH8.3，室温）、15mmol/LMgCl2
2.dNTPMix：2.5mmol/LdATP、2.5mmol/LdCTP、2.5mmol/LdGTP、2.5mmol/LdTTP
3.Tag酶5U/μL：
4.DNA模板1ng/μL：
5.引物1
6.引物2
7.引物溶液浓度2uM 1．在200ulEppendorf管内配制20ul反应体系
2．按下述程序进行扩增
94℃预变性3min；94℃变性30s；58℃退火30s；72℃延伸1min30s30cycle；72℃延伸4min；4℃pause 1．引物设计应具有特异性，依靠引物设计软件进行引物设计；引物分装成多管，不宜反复冻融多次；
2．PCR反应的各种成份不能遗漏，操作应戴手套，冰上操作；
3．根据引物的Tm值和扩增片段长度以及PCR仪的特性来设定PCR循环条件；
4．注意分析电泳检测PCR产物时出现拖带或非特异性扩增带、无DNA带或DNA带很弱的可能原因。
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